L’apparition des différents signes de la maladie évoqués précédemment permet déjà d’orienter le diagnostic vers la maladie de Pompe.

Celui-ci sera confirmé par la mesure de l’activité enzymatique de l’alpha-glucosidase acide également appelée acide maltase. Elle peut se faire, soit par analyse sanguine, soit par un test effectué en déposant une goutte de sang sur du papier buvard.

Une analyse génétique sera également effectuée. Elle permet d’identifier les mutations responsables de la maladie. Cette information est utile pour un diagnostic prénatal ou dans le cadre d’une enquête familiale.

Une biopsie musculaire ou cutanée peut être également effectuée mais elle n’est pas systématique.